文库浓度为什么不能只看一个数字？
不同方法回答的不是同一个问题
文库上机前常见的几个数字可能都标成“浓度”，但统计对象并不相同。双链 DNA 荧光法主要响应试剂可结合的双链 DNA；采用接头引物的 qPCR 则测量在特定反应条件下可被该引物组扩增的模板。两者不同不必然意味着某台仪器测错，也不能简单用一个固定系数互相替代。
分清输入 DNA 和最终文库
建库前的输入 DNA 和建库后的文库处于不同阶段，适用方法与目的可能不同。荧光法可为适用的双链 DNA 提供质量浓度估计，但游离双链 DNA、部分构建产物及接头二聚体可能带来贡献；响应取决于试剂、结构与操作条件，不能把所有污染物响应视为完全相同。
接头 qPCR 提供更有针对性的证据
以 Illumina 接头相应引物为例，扩增要求模板具有可供引物结合的序列；但可扩增不等于含有正确插入片段、序列完整或最终一定产生高质量读段。带引物结合位点的接头二聚体也可能被扩增。因此应结合片段分布、阴阳性对照、标准品和具体试剂说明，而不是将 qPCR 数值当成完整的质量验收。
片段长度决定质量浓度与摩尔浓度的关系
对于可适用近似的双链 DNA，质量浓度、分子浓度与片段长度相互关联。长度分布宽或二聚体存在时，用单一平均长度把总质量浓度换算为摩尔浓度可能掩盖成分差异；标准品与文库长度范围不同也可能影响特定 qPCR 方法的结果。应按具体试剂方法选择适当的片段长度或校正。
以具体文库流程为准
不存在跨所有建库化学体系的单一最佳方法。例如 Illumina 对 Nextera XT 手动归一化的特定说明要求使用荧光定量配合片段分析，并指出该流程不接受 qPCR 定量；其他文库或平台可能推荐接头 qPCR。单链与双链文库也需使用各自适用试剂；不要将某一厂家、版本的建议推广到所有 PCR-free 文库。
让结果可追溯
记录文库类型与阶段、试剂盒及版本、检测方法、稀释倍数、浓度单位、片段长度或分布、对照和异常结果。用方法规定的标准和判定规则决定复测或下一步；吸光度纯度比值、荧光数值或 qPCR 单项结果都不能独立证明下游一定成功。